第一百八十三章 老裘,你的病就有救啦!(2/2)
徐雲所說的16S相似度檢測,指的是核糖體小亞基的RNA組分檢測。
也就是16SrRNA。
這部分長度大約1500nt,不同物種略有差異,算是目前主流的九大新物檢測步驟之一。
五分鐘後。
裘生抬起頭,對徐雲道:
「老徐,準備好了,引物你覺得用啥?」
徐雲想了想,很快道:
「1492R吧。」
「好嘞!」
半個小時後。
裘生抬起頭,打了個響指:
「搞定,擴出來了,BLAST的密匙你有吧?」
徐雲朝他豎起一根大拇指示意幹得漂亮,隨後走到操作台邊,噼里啪啦的輸了一大串密匙。
做過新種檢測的同學應該都知道。
16S相似度檢測的界限其實有些模糊,因為不同分類群的檢測相似度閾值是不一樣的。
比如有的是97%,有的是99%。
只是在通常情況下。
相似度超過97%的,就可以認為是一個物種。
相似度低於97%的,就可以認為是不同物種,進行下一階段檢測。
不過就是這樣一種不太精細的檢測手段,卻依舊是很多新物檢測邁不過去的一道坎:
大部分樣本在經過檢測之後,都會發現相似度在99.99%以上,與其他某某微生物是同一物種。
總而言之。
這項技術在定屬方面還是靠譜的。
又過了一會兒。
裘生一臉驚喜的抬起頭,聲音驟然拔高了幾分:
「老徐,相似度46.9%,46.9%!!」
「毫無疑問,這是一類新物!」
徐雲認真的看了他一眼,確認道:
「只有一種新物嗎?」
「沒錯,只有一種!」
徐雲若有所思的點點頭,又道:
「那就繼續上磷脂脂肪酸和呼吸醌鑑定吧。」
眾所周知。
新物鑑定一般都有九個流程:
1、16S相似度。
2、形態學觀察。
比如這個菌的形狀、大小、鞭毛情況等等,還包括最適生長條件的確定。
3、磷脂脂肪酸鑑定,這個具有屬特異性。
4、呼吸醌,也就是看一下占優勢的呼吸醌是哪種,這個有種特異性。
5、分子雜交,也就是測定基因組序列,草圖就行,然後跟近源物種去比較。
相似度超過70%是一個種,低於70%是不同物種。
6、碳源利用情況,看一下能利用哪些碳源,一共有95種碳源的測試。
7、API試劑盒鑑定,生理生化鑑定的一方面。
8、GC含量。
9、革蘭氏染色。
大概經過這些方面的檢查,就可以確定是不是新種了。(註:不知道這樣寫的比較詳細大家願不願意看?這種詳細流程應該沒有其他書寫過,找人問其實很麻煩的,要是還被嫌水下次我就不寫了)
其中第五個流程,也就是分子雜交這次可以直接忽略畢竟第一部測出來的46.9%實在是差距太明顯了。
考慮到時間問題,徐雲將幾個步驟逐一分工,由幾位工具人咳咳,課題組成員同步進行。
五個小時後。
一道最終報告出爐了。
「節叢孢屬的一類全新微生物,1000倍油鏡下可觀察到形態,體外具備大量假絲。」
「這種假絲可以分離,與目標結合完成某種化合反應,這是禿頭攻擊?」
「一片青苔中可以高密度富集8000單位的極少量新物,特性上與嗜酸乳桿菌有一定類似嗯?」
隨後看著其中的一欄報告,徐雲有些疑惑的抬起頭,對裘生問道:
「老裘,新物對食物殘渣的淨化效果最為明顯?」
裘生點了點頭,指著不遠處的一個培養皿道:
「經過我們的初步檢測,這種新型微生物可以有效遏制殘渣中氨氣、有機酸和硫化物的生成。」
「並且對奈瑟氏菌和厭氧鏈球菌之類的細菌,有著極強的殺傷力。」
徐雲微微一愣:
「奈瑟氏菌和厭氧鏈球菌?」
不過很快,他便反應了過來:
這兩種西軍,都是人體唾液和牙齦的標準分泌物之一:
每一毫升的普通唾液里可以尋找出奈瑟氏菌8000萬個,在每一克牙齦分泌物中更是可以尋找出10億個厭氧鏈球菌。
在食堂里吐出骨頭啦、吐出西紅柿皮啦、吐出半截蛆蟲時沾染上這些細菌,最後流入下水管道是很正常的事情。
接著徐雲指著報告,對裘生說道:
「老裘,新種只對食物殘渣和唾液細菌有效嗎?」
裘生沉吟片刻,答道:
「準確的說,新種對於其他一些臭味源也有一定的扼製作用,但效果都遠不如食物殘渣和唾液細菌。」
徐雲疑惑的看了他一眼,問道:
「其他臭味源,都有哪些?」
裘生立時掰持起了手指:
「廁所里的小八小漢堡,還有小李找他室友要來的一小片兩個禮拜沒洗的手襪子,還有」
「停停停,打住打住!」
徐雲額頭頓時冒出了一股黑線,連忙止住了裘生的描述。
隨後他強迫自己平復了一番心情,繼續道:
「得,你乾脆直接報數據吧。」
裘生很是惡趣味的一笑,又從桌上拿起了另一份報告:
「比起其他臭味源,新種對於食物殘渣和唾液細菌的效果簡直可以用逆天來形容。」
「比如我們富集到的一個新種植株,生物效能才8000單位,小的可憐。」
「可它將一塊0.3立方厘米大小的食物殘渣徹底淨化乾淨的時間,前後也不過二十分鐘罷了。」
說著說著,裘生不由在徐雲面前比劃了個8的手勢:
「這才8000單位啊,你看現在青黴素的單位,哪個不是百萬級起步?」
「老徐,你知道這意味著什麼嗎?」
徐雲沉默片刻,頓時眉頭一掀:
「代表著你的口臭有救了?」