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遊戲劇情中。
《cheers！魔法少女☆》的主線劇情起於一樁慘劇。
序章的名字是《降臨》，而第一章 節則是《疑案》。
主角在被召喚後降落新手村，村子裡民風淳樸，主角受到所有人的尊敬愛戴。
不過這當然不夠，異世界怎麼能缺少妹子呢？身為前村長女兒的天才少女愛麗絲與主角一見鍾情，成為主角的可愛小迷妹。
雖然許多玩家善意地戲稱愛麗絲是「村姑」，但是愛麗絲確實可愛，這位高亮十八歲成年高亮少女的定位是純淨天真，她不僅是遊戲的看板娘，而且還是主角的第一張強力戰鬥卡，擅長各種刀具，定位單體狙擊，擁有狂暴輸出，只要用心培養就能成為團隊核心輸出般的存在。
主線劇情里，主角帶著小迷妹進入村子後的神木林探尋神跡，而當他們下山後卻發現村里里爆發了慘絕人寰的慘案，村中所有人不論老幼婦孺全部慘死。
在一系列解密過程後，主角竟然在村長家的後院裡發現了——此處應有高能——被啃食的骨骸。
所有的一切都被「吃的」乾乾淨淨。
這非常不和諧的劇情聳人聽聞，更令人震驚恐懼的是，犯下慘案的兇手也是人類。
於是主線劇情就以主角追查食人魔為開端，直到結局才找出真兇結束。
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蘇雲緩步走入那剩下的六重立柱中。
六
方柱子上有著他熟悉的六個印記，它們分別是茉莉花、長槍與太陽、皇冠、骸骨與鮮花、聖書與十字架、纖細的鎖鏈。
這裡關著六個人，代表六種瘟疫，也就是神靈的造物。
而蘇雲現在就是這位神靈。
很奇怪的，蘇雲在此時突然就覺得十分憤怒。
誰敢殺了他的孩子們？並且將他們封印在此？
蘇雲轉身看著愛麗絲，這個在遊戲裡是可愛少女的孩子此時正擔憂地望著他，清澈的眼眸倒映出他的影子。
「我的神。」愛麗絲微微皺著眉，堅定道，「請不要擔心，其他人會一一蘇生的！我們只需要等待就好！」
等待……等待瘟疫會接連甦醒嗎？和愛麗絲一樣？那倒是不錯。
蘇雲笑了，他摸了摸愛麗絲的頭：「好孩子。」
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遊戲劇情中。
《cheers！魔法少女☆》的第二章 節，名為《聖潔》。
在這一章節中，玩家帶著同伴愛麗絲遇到了第二個主線角色，虔誠的特蕾莎。
特蕾莎，溫柔的修女，在治癒的術法上天賦異稟，定位是能治療的修女術士，也就是廣大玩家口中的「奶媽」。
特蕾莎是單體奶媽，一次治療一個單位，但是她的「奶量足夠」，一次就能灌滿友方小半管血，可謂值得培養且好用的回覆單位。