第1309章 系統糾錯(1/2)
幾天後,新的實驗結果出來了。
與理論推測完全一致:在這組完全緩解的小鼠腫瘤樣本中發現了極其特殊的微環境改變:
腫瘤細胞凋亡的方式是免疫沉默型凋亡,沒有大量釋放促炎因子,而是釋放了抗炎信號和促修覆信號;腫瘤相關的成纖維細胞從促癌表型轉變為再生表型,開始分泌健康的細胞外基質;殘存的肌肉衛星細胞被激活,表達肌源性分化標誌物;甚至觀察到了新生的毛細血管芽。
「這不是單純的殺傷,」楊平在討論會上展示這些數據,「這是一場有序的交接。」
他調整呼吸,試圖用最準確的語言描述這個發現:
「當K因子以特定方式、在特定時機觸發了腫瘤細胞的身份驗偽-清除程序時,它沒有引發混亂的壞死和炎症,而是啟動了一套程序性的退場機制,瀕死的腫瘤細胞釋放出修覆信號,將微環境從支持腫瘤生長狀態,重置為支持組織再生狀態。」
「這意味著,」他環視全場,「如果我們能精確控制K因子觸發的清除路徑和強度,我們可能實現的不只是腫瘤消除,而是伴隨組織修復的腫瘤消除,這是真正的痊癒,而不僅僅是無瘤。」
會場陷入了長久的沉默。
這個前景太過震撼,超出了所有人最樂觀的想像,要不是這話從楊教授口裡說出來,大家一定不會相信。
「但這只是個例,」唐順謹慎地提醒,「三隻小鼠,一種腫瘤,特定的接種部位.」
「所以我們需要擴大驗證,」楊平點頭,「但首先我們要理解個例背後的原理。為什麼是這種腫瘤?為什麼是這個部位?K因子觸發的到底是哪條具體路徑,導致了這種有序退場?」
他布置了新的任務:全面分析這隻完全緩解小鼠模型中,腫瘤細胞從K因子結合到最終消失全過程的所有分子事件,轉錄組、蛋白組、代謝組、表觀組,時間序列取樣,單細胞解析度。
「我們要為這奇蹟般的痊癒,繪製一張完整的分子路徑圖。」楊平說,「如果這條路存在,我們就要找到它、理解它、然後複製它,否則我們永遠在表面打轉。」
全球樣本的徵集從未停止,但重點已經從廣度轉向深度。楊平要求對每一份有特殊反應的樣本,無論是完全緩解、還是罕見副作用、還是意料之外的伴隨效應,都進行最深入的多組學分析。
與此同時,理論模型也在快速疊代。
楊平將他的「三層模型」進一步細化,提出了細胞身份狀態的理論框架:每一個細胞都處於一個由三個坐標定義的狀態空間中:身份確認度是細胞表達正確身份標誌的程度(TIM系統的功能);功能適配度是細胞執行其應有功能的能力;秩序符合度是細胞對整體組織秩序的貢獻程度。正常細胞在這三個維度上都處於高值。
癌細胞試圖通過劫持身份確認系統,提高維度1的虛假讀數,來補償其低下的功能適配度和負面的秩序符合度。
K因子的作用,是強行校正身份確認度的讀數,暴露出維度2和3的真實低值,從而觸發秩序維護協議。
基於這個框架,楊平團隊開始嘗試做一件前所未有的工作:用這個假說理論來做一些預測。
不是預測哪個基因突變會導致癌症,而是預測對於一個給定TIM變體表達的腫瘤,哪種K因子變體以何種方式作用,最可能觸發哪條清除路徑,以及會產生什麼樣的微環境後續效應。
這需要整合結構生物學、系統生物學、計算生物學和臨床醫學的所有知識。
南都醫大數字醫學實驗室那邊為了楊平的實驗,特意構建了一個名為「生命邏輯模擬器」的人工智慧輔助系統。
系統的第一次實戰測試,針對的是凱薩琳博士從安德森癌症中心送來的一份特殊樣本:一位對七種靶向藥和兩種免疫療法全部耐藥、理論上已無藥可治的晚期結腸癌患者的肝轉移灶活檢標本。
樣本到達後72小時內,三博完成了TIM的快速測序和結構預測,這是一個罕見的TIM-F亞家族變體,在資料庫中只有三例類似記錄。
模型小組將數據輸入「生命邏輯模擬器」。
系統運行了六個小時,整合了該腫瘤的轉錄組特徵、微環境組成、患者全身免疫狀態等1297個參數,最終輸出了三條推薦策略:
策略一(概率42%):設計針對該TIM變體C端特殊環區的K因子變體,預測可能觸發內質網應激相關的非經典凋亡;
策略二(概率31%):設計能同時結合該TIM和鄰近PD-L1的雙特異性K因子,預測可能同時觸發凋亡和恢復T細胞殺傷;
策略三(概率18%):設計穿透型K因子,攻擊TIM的跨膜區,預測可能誘導溶酶體途徑的細胞死亡。
「為什麼概率都不高?」宋子墨問。
「因為這是高度耐藥的晚期腫瘤,」楊平解釋,「它的系統已經經過了多重進化選擇,劫持得更深,備用通路更多。我們的模型誠實地說:沒有保證成功的策略。」
「那選哪個?」
楊平凝視著三條路徑的詳細分子機制預測。
策略一最直接,但可能被腫瘤已有的應激耐受機制抵抗;策略二最巧妙,但設計難度大、生產周期長;策略三最新穎,但可能對正常細胞也有毒性。
「做三個都做,」楊平決定,「但在優先級上我選三。」
所有人都看向他。
「教授,您的理由?」
因為大家現在感覺已經跟不上教授的節奏的了。
本章未完,點選下一頁繼續閱讀。