第1304章 你特麼挺能猜的(2/2)
「膜蛋白的功能往往受微環境影響。」陸小路解釋道,「同一個蛋白在平坦膜區域和曲率高的區域構象可能不同,與鄰近蛋白的相互作用也會改變其可及性。我們設計的K因子最終要在真實的腫瘤環境中工作,所以這些信息很重要。」
通過與陸小路的交流,格里芬覺得這個年輕人的水平應該是世界頂級的,但是同為腫瘤學方面的專家,格里芬以前怎麼對陸小路毫無印象,甚至他幾次來中國參加學術會,居然沒有聽過陸小路的報告,不應該呀。
格里芬看了陸小路一眼:「你也是從事腫瘤研究的,為什麼我以前沒有拜讀到你的論文,我與中國學者也有過交流,以前怎麼從未聽說過你的名字,不應該呀。」
陸小路一言難盡:「我也是來三博研究所才略有成果,以前嘛……」他沒有再說下去,實驗室里安靜了片刻。
「抱歉。」格里芬說。
他意識到陸小路有難言之隱,或許他是大器晚成的人才,以前沒有什麼成果。
兩人休息一會,結束閒聊,陸小路重新將注意力轉回屏幕,啟動了三維重構程序。成千上萬的二維投影圖像開始被計算、對齊、迭加,逐漸構建出細胞局部區域的三維模型。
時間一分一秒過去,凌晨兩點,初步的三維重構完成。
屏幕上,一個令人驚嘆的微觀世界展現在眼前:癌細胞的質膜不是光滑的平面,而是布滿了起伏、凹陷和突起。在這些動態的膜結構中,PANC-ID1複合物像一個個微小的鎖具鑲嵌其中。
陸小路放大其中一個複合物,在目前的解析度下,能看出它由三個主要亞基組成:一個橫跨膜的核心,一個較大的胞外結構域,以及一個較小的、形狀不規則的附屬蛋白。
「這個小的應該就是你發現的未知蛋白。」格里芬指著那個不規則的模塊,「它似乎通過柔性連接與核心相連,像是在膜表面擺動。」
「這可能是調控機制。」陸小路若有所思,「如果這個附屬蛋白的構象可變,那麼鎖的開合狀態也許可以調節。K因子要起作用,可能需要穩定在開啟狀態。」
就在兩人專注分析時,實驗室的門被輕輕推開。
張林探頭進來,看到有人,愣了一下:「陸博士,格里芬醫生,你們還在啊?」
「你又來幹什麼?」陸小路問。
「我……我睡不著,起來溜達看到這個實驗室亮著燈,我以後誰下班沒關燈呢。」張林不好意思地撓頭,「既然這裡開著燈,白天那個呼吸實驗的數據,我用新學的機器學習方法重新分析了,發現了一個有趣的相關性,想用大屏幕看看。」
「你睡在實驗室?」陸小路很是奇怪。
張林點點頭:「我和小五都睡在實驗室,做實驗不睡在實驗室怎麼行,笨鳥先飛嘛。」
陸小路不免心生一絲敬佩,他們還挺認真的,不是說著玩玩。
「什麼相關性?」陸小路問道。
「手部姿勢改變時,不只是呼吸模式變化,心率變異性也有同步改變。」張林走進來,打開自己的筆記本電腦,「你們看,這是拇指食指捏合時的頻域分析,低頻功率增加,高頻功率減少,這是交感神經活性相對增強的表現。而拇指無名指捏合時,情況正好相反——更像是副交感神經激活的模式。」
陸小路格里芬對視一眼,這確實超出了簡單的「注意力轉移」解釋。
「你的意思是,特定手勢能直接調節自主神經平衡?」陸小路嚴肅起來。
「數據暗示這種可能性,但我不確定機制。」張林說,「也許是通過某種尚未明確的體感-自主神經反射,或者……等等,你們在看什麼?」
他的注意力被主屏幕上的三維結構模型吸引:「這是胰腺癌的那個靶點?哇,這麼清楚!」
「初步模型,解析度還很低。」陸小路說。
張林湊近屏幕,仔細看了半晌,突然說:「這個擺動的小蛋白……它表面是不是有一些正電荷富集區域?」
陸小路一怔:「你怎麼看出來的?現在的解析度看不出電荷分布。」
「不是看出來的,是猜的。」張林指了指結構模型上幾個略微凸起的區域,「你看這些地方,在三維空間裡形成了一種凹陷-凸起-凹陷的模式。如果我是自然進化出的鎖,要和其他分子特異性結合,很可能會利用電荷互補,正負電荷相吸是最簡單直接的相互作用之一。」
格里芬若有所思:「用計算化學方法可以預測表面靜電勢,陸教授,要不我們試試?」
陸小路點頭,調出另一個程序,基於已有的低解析度結構,他用AlphaFold2預測了複合物的全原子模型,然後計算了表面靜電勢分布。
結果令人驚訝,正如張林猜測的那樣,那個擺動的小蛋白表面,確實有三個明顯的正電荷富集區,呈三角形排列。
「這很可能就是結合界面。」陸小路聲音裡帶著興奮,「如果K因子要識別這個靶點,它的結合表面應該有相應的負電荷互補區域,你特悶挺能猜的。」
張林嘿嘿笑了:「看來我這不務正業的觀察力偶爾還有點用嘛。」
陸小路拍拍他的肩:「科學發現有時就需要不同角度的眼光,對了,你那個手勢影響自主神經的發現,也許可以從神經解剖學找找解釋。手掌和手指有豐富的機械感受器和本體感受器,它們的傳入神經在脊髓和腦幹有廣泛的投射,理論上確實可能影響自主神經核團。」
「真的?」張林眼睛亮了,「陸博士,你能指導我看些文獻嗎?」
「明天吧,現在太晚了。」陸小路看了眼時間,已經凌晨三點,「大家都回去休息吧。」
格里芬這時說:「你要是有需要,我可以介紹美國那邊的神經學方面的專家給你。」